據(jù)史料記載公元前200余年的先秦時(shí)代，鞏留一帶就居住著古老的伊犁塞種人。
神爵二年（公元前60年），駐扎西域的日逐王賢撣降漢，天山南北諸地均歸漢朝中央政府統(tǒng)屬。
先秦為伊犁塞人地，自兩漢迄晉為大月氏、烏孫國(guó)地。
唐顯慶三年（658年），唐滅西突厥置昆陵、蒙池都護(hù)府，伊犁等地歸于唐。
元明為察合臺(tái)汗國(guó)及蒙兀爾斯坦游牧地。
明末清初為西蒙古準(zhǔn)噶爾部牧地。
清乾隆二十五年（1760年），鞏留置為厄魯特營(yíng)牧地。
光緒十四年（1888年），置寧遠(yuǎn)縣，鞏留劃為寧遠(yuǎn)縣境。
光緒二十一年（1895年），塔什圖畢地方置為新滿營(yíng)屯地。
清光緒二十九年（1903年），建城堡，史稱特克斯塔柳莊，直隸伊犁將軍府。
清光緒三十一年（1905年）又建舊滿營(yíng)屯地，史稱托古斯塔拉老滿營(yíng)皇工。
民國(guó)十九年（1930年）經(jīng)伊犁公署呈報(bào)將“托古斯塔拉老滿營(yíng)皇工”升設(shè)為縣治，命名為鞏留縣。
民國(guó)二十一年（1932年）鞏留正式建縣，其轄區(qū)為伊犁河以南，喀什河以東，阿布熱勒山以南的廣大區(qū)域，即鞏留全境，昭蘇縣，特克斯縣、察布查爾縣東部，新源縣西部，尼勒克縣、伊寧縣部分地區(qū)，是伊犁東部區(qū)域的政治文化經(jīng)濟(jì)中心。
民國(guó)三十五年（1946年）設(shè)置鞏留鎮(zhèn)，是伊犁東五縣中較早興建的一座城鎮(zhèn)。
1950年5月，在原三區(qū)革命縣政府的基礎(chǔ)上，經(jīng)改組、調(diào)整和充實(shí)，成立代表各族人民根本利益的新政權(quán)鞏留縣人民政府，隸屬伊犁地區(qū)。
1955年年底，撤伊犁地區(qū)建制，成立伊犁哈薩克自治州，鞏留縣劃為州直屬縣。
1957年伊犁地區(qū)再次撤消，鞏留縣又復(fù)歸伊犁州直轄。
1985年伊犁地區(qū)建制復(fù)設(shè)，鞏留縣隸屬伊犁行署。
2001年，撤消伊犁地區(qū)行署，鞏留縣直屬伊犁哈薩克自治州。
